基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA）
GSEA（Gene Set Enrichment Analysis），该方法发表于2005年的Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach forinterpreting genome-wide expression profiles，是一种基于基 …
GSEA 分析可以用来研究哪些生物学问题？ - 知乎
GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）分析是一种常用的基因集富集分析方法，它能够帮助生物学家探索差异表达基因在某些生物过程或通路中的富集情况，从而为深入研究生物学问题提供 …
GSEA如何分析，生物上的大神帮帮忙? - 知乎
GSEA分析可视化 除了上方介绍的经典的GSEA结果展示图以外，GSEA和GO、KEGG一样，都有很多让人眼花缭乱的可视化方法，让我们来看一看把。 好了，今天的分享就到这结束啦，换 …
如何使用正确的基因集合进行 GSEA 分析？ - 知乎
要进行 GSEA 分析，您需要准备几部分的数据：1）预定义的基因集；2）所有样本的所有基因表达矩阵；3）样品的分组信息。 预定义的基因集就像 KEGG 中某条 pathway 中对应哪些基因一 …
富集分析中，“ORA”、“超几何分布”、“ GSEA”是什么意思，它们之 …
ORA（Over-Repressentation Analysis）应该和FCS（Functional Class Scoring）并列，属于分析策略（还有其它分析策略，不做展开）。费歇尔精确检验、 二项分布检验 、卡方检验等，都 …
如何解读 gsea 分析结果？ - 知乎
我们此部分一共有两个函数，一个是KS_GSEA，作用是进行转录组数据GSEA分析，提供clusterProfiler和fgsea两种R包分析方式，KS_GSEA适用于human和mouse两个物种，支 …
单细胞测序中GO、KEGG、GSEA 分析三个高级分析有什么区别？
你好， GO、KEGG、GSEA 分析区别如下： GO 数据库是分别从细胞组分（cellular component, CC）、分子功能（molecular function, MF）、生物过程（biological process, BP）对基因产 …
如何创建自己的GSEA基因集？ - 知乎
总之，GSEA是一种强大的分析大规模基因表达数据的方法，能够识别出哪些通路和生物进程在不同的组间中差异调控，更好的了解观察到的基因表达变化的生物机制。 这个是GSEA的官网， …
单细胞测序中 GSEA、GSVA 两个高级分析有哪些相同和不同处呢？
你好，解答如下： GSVA分析背景： GSEA是用来判断其对表型的贡献的分析，但是应用场景通常局限于 Case-Control 型实验设计。对于表型（分组）复杂的大样本量研究，GSEA已不能满 …
在kegg中富集排名靠前的通路，为什么在gsea-kegg分析没有？如 …
GSEA更注重基因表达变化的整体趋势，而不是单一基因的显著性。 2) 阈值设置： GSEA可能设置了更严格的阈值来定义显著性，比如FDR（假发现率）校正后的q值，这可能导致某些 …